Le Traité de la liberté paraît pour la première fois, avec d'autres opuscules, en 1700; l'attribution à Fontenelle, attestée par Trublet, semble certaine. Ce texte est destiné, avant tout, à réfuter Malebranche. S'appuyant sur Bernier, Bayle et Spinoza, le philosophe démontre que les hommes ne sont pas libres et que 'tout est compris dans un ordre physique'. Ce matérialisme est d'ailleurs conciliable avec l'existence d'un Dieu, qui serait celui d'Epicure, transparent et comme absent au monde. Les traités Des miracles et Des oracles cherchent à démontrer que nous ne devons attacher aucun prix aux miracles, qui ne sont sans doute que des fables ou des impostures, et que les oracles n'ont pas été rendus par le diable et que la venue du Christ ne les a pas fait disparaître. Parmi des sources nombreuses (Bayle, Le Clerc, Baltus, Van Dale...), l'influence essentielle demeure celle de Fontenelle avec De l'origine des fables et l'Histoire des oracles. Enfin, La Fausseté des miracles, ouvrage publié en 1775, constitue une nouvelle version, plus systématique et plus austère, des deux traités précédents.