In questo breve testo, cerco di fornire una guida che aiuti il lettore ad orientarsi nell'odierno dibattito che ruota intorno alla biologia teoretica.Il tema dell'autonomia della Biologia costituisce il problema di fondo della biologia teorica. Problema nel problema considerato il fatto che essa stessa una scienza relativamente nuova, che non risponde ad una definizione univoca. Pu essere degno di nota il fatto che, ad oggi, non esiste una disciplina accademica con questo nome, almeno in Italia. Al termine di questo percorso ed una volta evidenziata la necessit di un modo biologico di pensare, che si esprima in un "linguaggio biologico" e sia in grado di concettualizzare e di rendere comprensibile l'oggetto biologico, un oggetto "infinitamente complesso", tenter di suggerire un linguaggio chiaro, rigoroso che permetta di maneggiare l'oggetto biologico senza ricorrere ad artificiose riduzioni, che favorisca il confronto fra le diverse metodologie biologiche e che sia nello stesso tempo facilmente maneggiabile.