As tecnologias de sequenciamento de segunda geracao proporcionaram um grande avanco dos estudos genomicos, tornando sua utilizacao um marco que revolucionou a biologia. Estas plataformas sao caracterizadas pela reducao no tempo de sequenciamento, alta producao de dados e baixo custo por base sequenciada, contudo, estes equipamentos em sua maioria produzem dados compostos por leituras curtas o que representa um grande desafio para reconstrucao do genoma, devido a essa nova caracteristica das leituras ferramentas computacionais tiveram que ser desenvolvidas para realizar a tarefa de montagem. No entanto, a maioria destes aplicativos sao executados atraves de linhas de comandos extensas compostas por varios parametros e devem obedecer a uma sintaxe adequada a sua utilizacao, pois em caso de erros existe a possibilidade de nao obtencao do melhor resultado, com o intuito de resolver este problema apresentamos o AutoAssemblyD que alem de proporcionar a utilizacao destes montadores atraves de uma interface grafica tambem possibilita a gerencia destas execucoes de forma remota."