Rodzima mikroflora surowcow roślinnych korzystnie wplywa na przebieg wielu procesow produkcyjnych. Jednakże surowce roślinne mogą byc zanieczyszczane przez drobnoustroje pochodzące z gleby, powietrza oraz wody. Szczegolnie niebezpieczne są bakterie chorobotworcze dla ludzi, ktore wywolują groźne choroby. Ponadto duże ryzyko związane jest z rozwojem grzybow pleśniowych na surowcach roślinnych. Mają one zdolnośc wytwarzania mykotoksyn o silnym dzialaniu kancerogennym. Znajomośc mikroflory surowcow roślinnych oraz optymalnych warunkow rozwoju pozwala dobrac odpowiednie sposoby ich przechowywania oraz utrwalania.