L'explosion des donn es et des sources de donn es sur le Web n cessite des solutions d'int gration pour de nombreuses applications dans divers domaines. En parall le, les ontologies ont t largement d velopp es. Par cons quent, un grand nombre d'instances ontologiques ont t g n r es. Nous avons propos un syst me d'int gration complet pour les sources base ontologique permettant une int gration automatique, une grande autonomie des sources et une r conciliation et fusion des instances. Notre syst me permet une flexibilit de l'ajout d'une nouvelle source et peut tre utilis grande chelle. Il traite l'h t rog n it par des ontologies enrichies par les d pendances fonctionnelles (DF) d finies sur chaque classe ontologique. Ces DF permettent la r conciliation des donn es tout en rel chant la contrainte d'existence d'un identifiant commun. Nous avons dot notre syst me d'une m thode compl te de r conciliation et de fusion de donn es. Elle se d roule suivant cinq tapes: (1) d couverte des DF de la requ te, (2) d termination des sources concern es, (3) d rivation de la cl de r conciliation, (4) valuation des requ tes et enfin, la (5) r conciliation et fusion des r sultats.