Les syst mes tudi s par les sciences du vivant (agronomie, cologie etc.) sont repr sent s sous la forme de programmes de simulation num rique. Afin d'acc der des objets de recherche pluridisciplinaires, ces programmes sont assembl s au sein de plateformes logicielles. La th se traite de questions s mantiques g n r es par l'assemblage de programmes. Au travers de l'analyse d'exemples (MODCOM, OpenMI, VLE, APES, DSSAT et SEAMLESS-IF), nous montrons que les r gles syntaxiques des langages d'assemblages limitent l'aptitude repr senter les syst mes complexes. Nous montrons aussi que l'efficience des m tadonn es et ontologies d pend des aspects implicites ayant pr valu la repr sentation des syst mes. Afin d'acc der l'implicite, nous proposons de d crire le contenu du programme de fa on formelle. Un mod le de description a t tabli partir de la linguistique pragmatique et de travaux en morphosyntaxe. L'interrogation partielle en mode direct permet de conf rer une structure de description d taill e, bas e sur les sept pronoms et adverbes que propose la langue fran aise. Ce travail d bouche sur la proposition d'un langage d claratif de description de syst mes complexes.