Es besteht Einigkeit darüber, dass das CPA die bewaffneten Konflikte in den Nuba-Bergen und im Blauen Nil nicht gründlich analysiert hat. Ausgehend von dieser Annahme weisen Rottenberg et al. (2011) darauf hin, dass es für einige der wichtigsten Probleme keine dauerhafte Lösung bieten konnte. Das CPA betonte allgemein die Notwendigkeit einer Bildungsreform im Sudan, ohne jedoch auf Themen wie Lehrpläne, Unterrichtssprache oder die Erweiterung der Bildungsmöglichkeiten in diesen Gebieten einzugehen. Selbst die wenigen Punkte, die sich auf Friedenserziehung und den Unterricht in lokalen Sprachen bezogen, wurden nicht umgesetzt. Dies steht im Einklang mit anderen politischen, wirtschaftlichen und militärischen Komponenten, die entweder vollständig gestrichen oder nur teilweise umgesetzt wurden (Small Arms Survey, 2011). Die Verzögerung und Aufhebung der Umsetzung einiger Bestimmungen des CPA führte im Juni bzw. September 2011 zum Ausbruch eines zweiten bewaffneten Konflikts sowohl in den Nuba-Bergen als auch am Blauen Nil. Da die Regierungstruppen und die Rebellengruppe in diesen beiden Gebieten derzeit gegeneinander kämpfen, werden nationale und regionale Anstrengungen unternommen, um ein Friedensabkommen zu erreichen.