È opinione comune che il CPA non abbia analizzato in modo approfondito i conflitti armati nelle zone dei Monti Nuba e del Nilo Azzurro. Sulla base di questa ipotesi, Rottenberg et al. (2011) indicano che esso non è stato in grado di fornire una soluzione duratura ad alcune delle questioni principali. Il CPA ha generalmente sottolineato la necessità di riformare l'istruzione in Sudan senza specificare questioni quali il programma scolastico, la lingua di insegnamento o l'ampliamento delle opportunità educative in queste aree. Anche i pochi punti relativi all'educazione alla pace e all'insegnamento delle lingue locali non sono stati attuati. Ciò è in linea con altre componenti politiche, economiche e militari che sono state completamente abbandonate o attuate solo in parte (Small Arms Survey, 2011). Il ritardo e la cancellazione dell'attuazione di alcune disposizioni del CPA hanno portato all'insorgere di un secondo conflitto armato sia nei Monti Nuba che nel Nilo Azzurro, rispettivamente nel giugno e nel settembre 2011. Mentre le forze governative e il gruppo ribelle in queste due aree sono attualmente in conflitto tra loro, si stanno compiendo sforzi a livello nazionale e regionale per raggiungere un accordo di pace.