É comum entender que o CPA não analisou exaustivamente os conflitos armados nas regiões das Montanhas Nuba e do Nilo Azul. Com base nessa suposição, Rottenberg et al. (2011) indicam que ele não conseguiu fornecer uma solução duradoura para algumas das principais questões. O CPA destacou, de modo geral, a necessidade de reformar a educação no Sudão, sem especificar questões como o currículo, a língua de ensino ou a ampliação das oportunidades educacionais nessas áreas. Mesmo os poucos pontos relacionados à educação para a paz e ao ensino de línguas locais não foram implementados. Isso está em consonância com outros componentes políticos, económicos e militares que foram completamente abandonados ou parcialmente implementados (Small Arms Survey, 2011). O adiamento e o cancelamento da implementação de algumas das disposições do CPA levaram ao início de um segundo conflito armado nas montanhas Nuba e no Nilo Azul, em junho e setembro de 2011, respetivamente. Como as forças governamentais e o grupo rebelde nessas duas áreas estão atualmente em conflito, esforços nacionais e regionais estão a ser envidados para chegar a um acordo de paz.