Фарғона водийси Ўзбекистонда ўзини бетақрор табиати, мусаффо ҳавоси, шифобаҳш зилол сувлари, доривор ўсимликлари, ҳайвонлари, унумдор тупроқлари, аҳолиси зичлиги бўйича ўзига ҳос минтақадир.Фарғона водийсида қишлоқ хўжалигининг асосий суғориладиган ер заҳираси ҳисобланган тоғ олди ландшафтларида қишлоқ хўжалиги ва турли саноат тармоқлари ҳамда рекреация тизимларини ривожлантириш учун қулай табиий географик шароит ва ландшафт комплекслари мавжуд.Фарғона водийсиининг тоғ олди ландшафтлари узоқ йиллардан бери инсонлар таъсирида фойдаланиб келиниши натижасида дастлабки табиий ландшафтлар ўрнини антропоген ва табиий-антропоген ландшафтлар вужудга келмоқда. Чунончи, тоғ олди ландшафтларидан нооқилона фойдаланиш, табиий мувозанатнинг бузилишига сабаб бўлмоқда. Бу эса ландшафтларда шўрланиш, сув эрозияси, жарланиш, сурилмалар, суффозиялар каби табиий ва табиий-антропоген жараёнларнинг ривожланишига олиб келмоқда.