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Redundância de Contigs NGS em Genomas Procariotos

AUTHOR Ramos, Rommel; Silva, Artur; Braga, Marcus
PUBLISHER Novas Edicoes Academicas (06/09/2020)
PRODUCT TYPE Paperback (Paperback)

Description
Esta tese apresenta um m todo computacional para detectar e eliminar contigs NGS redundantes gerados por montadores de novo. A abordagem usa duas t cnicas baseadas em Hashing, um Bloom Filter para eliminar contigs duplicados e um hash sens vel localidade (LSH) para remover contigs similares. Como um grande n mero de contigs gerado por diferentes montadores, essas abordagens requerem recursos computacionais e humanos consider veis. A redu o de redund ncia facilita a an lise posterior dos dados e reduz o tempo necess rio para finalizar e curar montagens gen micas. A montagem h brida do dataset GAGE-B (8 bact rias divididas em 12 conjuntos sequenciados em Illumina HiSeq e MiSeq) foi realizada com o montador SPAdes (De Bruijn Graph) e o montador Fermi (OLC). O pipeline foi aplicado aos contigs resultantes e o desempenho comparado com outras ferramentas semelhantes, como HS-BLASTN, Simplifier e CD-HIT. O aplicativo proposto pode gerar resultados complementares e ajuda a unir esses resultados, tornando a montagem mais precisa.
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Product Format
Product Details
ISBN-13: 9786200808486
ISBN-10: 6200808481
Binding: Paperback or Softback (Trade Paperback (Us))
Content Language: Portuguese
More Product Details
Page Count: 136
Carton Quantity: 52
Product Dimensions: 6.00 x 0.32 x 9.00 inches
Weight: 0.46 pound(s)
Country of Origin: US
Subject Information
BISAC Categories
Science | Life Sciences - Genetics & Genomics
Descriptions, Reviews, Etc.
publisher marketing
Esta tese apresenta um m todo computacional para detectar e eliminar contigs NGS redundantes gerados por montadores de novo. A abordagem usa duas t cnicas baseadas em Hashing, um Bloom Filter para eliminar contigs duplicados e um hash sens vel localidade (LSH) para remover contigs similares. Como um grande n mero de contigs gerado por diferentes montadores, essas abordagens requerem recursos computacionais e humanos consider veis. A redu o de redund ncia facilita a an lise posterior dos dados e reduz o tempo necess rio para finalizar e curar montagens gen micas. A montagem h brida do dataset GAGE-B (8 bact rias divididas em 12 conjuntos sequenciados em Illumina HiSeq e MiSeq) foi realizada com o montador SPAdes (De Bruijn Graph) e o montador Fermi (OLC). O pipeline foi aplicado aos contigs resultantes e o desempenho comparado com outras ferramentas semelhantes, como HS-BLASTN, Simplifier e CD-HIT. O aplicativo proposto pode gerar resultados complementares e ajuda a unir esses resultados, tornando a montagem mais precisa.
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