Endodontische Infektionen sind polymikrobieller Natur, wobei obligat anaerobe Bakterien die Mikrobiota bei Primärinfektionen auffällig dominieren. Die überwiegende Mehrheit der Mikroorganismen in der Natur wächst und funktioniert ausnahmslos als Mitglieder metabolisch integrierter Gemeinschaften, oder Biofilme. Diese Biofilme sind für die meisten chronischen Infektionen und fast alle widerspenstigen Infektionen beim Menschen verantwortlich. Ziel der Wurzelkanalbehandlung ist es, vitales oder nekrotisches Pulpagewebe aufzulösen, endodontische Biofilme zu zerstören, Endotoxine zu neutralisieren und die Schmierschicht zu entfernen. Die Anwendung des Biofilmkonzepts auf die endodontische Mikrobiologie trägt dazu bei, das pathogene Potenzial der Wurzelkanalmikrobiota zu verstehen und neue Ansätze für die Wurzelkanaldesinfektion zu entwickeln.