En Algérie, La culture des céréales tient de loin, la première place quant à l'occupation des terres agricoles, parce qu'elles servent d'aliments de base pour une grande proportion de la population. Malgré cette importance, elle se trouve constamment menacées par plusieurs stress biotiques et abiotiques qui affectent les rendements de façon qualitative et quantitative.Aujourd'hui, il est devenu impératif d'adopter de nouvelles approches pour réaliser un développement durable et assurer le recyclage et le renouvellement des ressources naturelles chez les microorganismes, à travers les associations symbiotiques que forment ces derniers avec leurs hôtes. Parmi ces associations, on trouve celles qui se forment entre les plantes et les champignons appelés endophytes, qui colonisent les tissus internes, sans causer aucun symptôme apparent de maladie. Ces derniers semblent revêtir une importance particulière pour la survie des plantes, vivant dans des habitats stressants. Cette étude se propose d'identifier la communauté fongique endophyte associée aux racines, en quantifiant l'interaction de la combinaison de la salinité avec ces champignons in vitro et in vivo, sur le blé et l'orge.