O Manufacturing Execution System (MES) é reconhecido como uma aplicação de Sistema de Informação (SI) que faz a ponte entre o nível superior de gestão empresarial (ERP) e os níveis inferiores de automação e supervisão (SCADA). Este estudo apresenta uma abordagem inovadora centrada na integração organizacional e informacional para a implementação de um sistema MES num ambiente industrial. Realiza uma análise aprofundada do sistema de informação existente, desenvolvendo um conhecimento profundo dos seus componentes, das suas interacções e das lacunas identificadas. Propõe ainda uma metodologia exaustiva que enquadra de forma rigorosa as principais componentes do processo de implementação do MES, desde a fase de conceção até à fase operacional. Para além desta base teórica, o estudo integra também uma dimensão prática através de um estudo de caso realizado numa fábrica de farinha. O objetivo é fornecer informações concretas sobre a implementação de um MES e confirmar a eficácia da metodologia proposta através desta validação prática.