L'eparan solfato e il condroitin solfato svolgono un ruolo fondamentale nella matrice extracellulare. L'eparina è un polisaccaride acido, caratterizzato da un'unità di ripetizione disaccaridica di esosamina e acido uronico (acido L-iduronico o D-glucuronico) collegati da legami 1-4. L'eparina è eterogenea a causa del diverso grado di modifica dei gruppi funzionali nell'unità disaccaridica. L'eparina può essere idrolizzata con l'acido solo in condizioni di forte intensità, il che comporta una notevole caramellizzazione, soprattutto dell'acido glucoronico, e un'ampia scissione dell'eparina, che si trasforma in mono(o) disaccaridi dai quali vengono rimossi tutti i gruppi solfati.