O que se considera como formas desejáveis de ensinar e aprender ciências é influenciado pela conceção que se tem da ciência. Portanto, o que constitui um bom ensino de ciências pode ser mais bem entendido através da compreensão de qual é a conceção do professor sobre a ciência. Este trabalho procurou responder a duas questões: Quais são as percepções dos professores de ciências (uma mulher e um homem) sobre a forma como as raparigas e os rapazes aprendem ciências nas escolas secundárias do Paquistão? Como é que essas percepções influenciam as suas práticas de ensino nas aulas de ciências? Os dados foram recolhidos principalmente através de entrevistas e da observação das salas de aula de um professor de ciências e de uma professora que leccionam uma turma mista. Os resultados deste estudo indicam que os professores de ciências têm muitas percepções não examinadas que influenciam as suas práticas. As conclusões destas percepções indicam que os professores pensam que a ciência requer experiências e perguntas. Pensam também que a ciência (com exceção da biologia) é para rapazes. As conclusões das práticas tendem a marginalizar ou a excluir as raparigas da aprendizagem das ciências em turmas mistas no Paquistão.