O diagnóstico das lesões orais baseia-se numa história e num exame clínico precisos, bem como em testes adicionais. O teste do azul de toluidina, o exame citológico e a biopsia são os mais comuns. O teste do azul de toluidina, que caiu em desuso, consiste em procurar a presença de células atípicas, ricas em ácido nucleico, que absorvem fortemente o corante. O exame citológico, ou citologia esfoliativa, é efectuado numa amostra obtida por raspagem de células epiteliais espalhadas numa lâmina. Esta técnica, de fácil execução, é indicada para lesões como a candidíase ou as lesões bolhosas, mas não para as lesões pré-cancerosas, devido aos numerosos falsos negativos. Apenas a biópsia, que permite um estudo histopatológico do tecido retirado para efeitos de diagnóstico, continua a ser o padrão de ouro.