La diagnosi delle lesioni orali si basa su un'anamnesi e un esame clinico accurati, oltre che su esami supplementari. Il test al blu di toluidina, l'esame citologico e la biopsia sono i più comuni. Il test al blu di toluidina, caduto in disuso, consiste nel ricercare la presenza di cellule atipiche, ricche di acido nucleico, che assorbono fortemente il colorante. L'esame citologico, o citologia esfoliativa, viene effettuato su un campione ottenuto raschiando le cellule epiteliali sparse su un vetrino. Questa tecnica, di facile esecuzione, è indicata per lesioni come la candidosi o le lesioni bollose, ma non per le lesioni precancerose a causa dei numerosi falsi negativi. Solo la biopsia, che fornisce uno studio istopatologico del tessuto prelevato a scopo diagnostico, rimane il gold standard.