O sistema imunitário distingue dois grupos de substâncias estranhas. Um grupo é constituído por antigénios que circulam livremente no corpo. Estes incluem moléculas, vírus e células estranhas. Um segundo grupo é constituído por células próprias que apresentam proteínas MHC aberrantes. Dependendo do tipo de invasão estrangeira, ocorrem duas respostas imunitárias diferentes: A resposta humoral (ou resposta mediada por anticorpos) envolve células B que reconhecem antigénios ou agentes patogénicos que circulam na linfa ou no sangue ("humor" é um termo medieval para o fluido corporal). A resposta mediada por células envolve principalmente células T e responde a qualquer célula que apresente marcadores MHC aberrantes, incluindo células invadidas por agentes patogénicos, células tumorais ou células transplantadas.