Durante la pubertà, l'ipotalamo rilascia in modo pulsatile l'ormone di rilascio delle gonadotropine (GnRH), stimolando la sintesi e la secrezione dell'ormone luteinizzante (LH) e dell'ormone follicolo stimolante (FSH) nell'ipofisi anteriore. Nelle donne con amenorrea ipotalamica funzionale (FHA) si osservano soppressione del GnRH, alterazioni della pulsatilità dell'LH e diminuzione dei livelli di LH e FSH, con conseguente riduzione della produzione ovarica di estradiolo, progesterone e testosterone, accompagnata da anovulazione e amenorrea. Questa alterazione dell'asse ipotalamo-ipofisi-ovaio può essere innescata da stress psicologico, disturbi alimentari, perdita di peso o esercizio fisico eccessivo. Soprattutto negli sport critici per il peso, l'esercizio fisico eccessivo è associato all'HAB, sottolineando l'importanza della nutrizione sportiva nella sua prevenzione e nel suo trattamento. La diagnosi di HAB, legata a una scarsa disponibilità energetica, è di esclusione e viene spesso confusa con la sindrome dell'ovaio policistico (PCOS), il che può portare a interventi nutrizionali inappropriati che ostacolano il recupero del ciclo mestruale e la salute generale.