A necessidade de terapêuticas mais seguras contra infeções gastrointestinais com efeitos nocivos reduzidos sobre a microbiota intestinal positiva é discutida neste trabalho, principalmente no que diz respeito à crescente resistência dos agentes patogénicos aos antibióticos. Uma vez que muitos fitoquímicos possuem uma forte atividade antimicrobiana específica, este trabalho centra-se em produtos derivados de plantas que atuam seletivamente no contexto da sua atividade inibidora sobre os agentes patogénicos intestinais, em comparação com o seu impacto reduzido sobre a microbiota intestinal residente benéfica dos seres humanos. Como resultado da parte experimental, um alcalóide natural, a 8-hidroxiquinolina (8HQ), foi selecionado como o fitoquímico com a seletividade mais pronunciada entre os 26 produtos derivados de plantas testados. A sua atividade foi também analisada por um método que combina hibridização fluorescente in situ e citometria de fluxo. Além disso, a seletividade da 8HQ foi utilizada na prática para o desenvolvimento de um meio seletivo melhorado para o isolamento de bifidobactérias a partir de fezes. Conclusivamente, sugere-se a realização de mais pesquisas sobre fitocompound como agentes antibacterianos mais seguros.