El protocolo sigue dos herramientas principales: la determinación de una muestra significativa, respaldada estadísticamente con los datos de cada país, y un cuestionario compuesto por siete módulos: agua potable; saneamiento; higiene; residuos; limpieza hospitalaria; energía y medio ambiente; y gestión y fuerza laboral.

El éxito del protocolo depende de que se respeten los procedimientos y la metodología propuesta, que se puede desarrollar en un período de tres a cuatro meses, según el tamaño de la muestra de establecimientos de salud y las facilidades que se les brinde para levantar la información.

La metodología del protocolo comprende varias etapas: toma de decisiones, determinación de la muestra, coordinación institucional, capacitación del personal encuestador, levantamiento de información, procesamiento de información y análisis de la información y presentación de resultados.